Bibliography

1

C. Billerey, D. Chopin, M. H. Aubriot-Lorton, D. Ricol, S. Gil Diez de Medina, B. Van Rhijn, M. P. Bralet, M. A. Lefrere-Belda, J. B. Lahaye, C. C. Abbou, J. Bonaventure, E. S. Zafrani, T. van der Kwast, J. P. Thiery, and F. Radvanyi.
Frequent FGFR3 mutations in papillary non-invasive bladder (pTa) tumors.
Am. J. Pathol., 158:955-1959, 2001.

2

S. Dudoit and Y. H. Yang.
Bioconductor R packages for exploratory analysis and normalization of cDNA microarray data.
In G. Parmigiani, E. S. Garrett, R. A. Irizarry, and S. L. Zeger, editors, The Analysis of Gene Expression Data: Methods and Software. Springer, New York, 2003.
(To appear).

3

P. Hupé, N. Stransky, J-P. Thiery, F. Radvanyi, and E. Barillot.
Analysis of array CGH data: from signal ratios to gain and loss of DNA regions.
Bioinformatics, 20:3413 - 3422, 2004.

4

A. S. Ishkanian, C. A. Malloff, S. K. Watson, R. J. DeLeeuw, B. Chi, B. P. Coe, A. Snijders, D. G. Albertson, D. Pinkel, M. A. Marra, V. Ling, C. MacAulay, and W. L. Lam.
A tiling resolution DNA microarray with complete coverage of the human genome.
Nat. Genet., 36:299-303, 2004.

5

A. N. Jain, T. A. Tokuyasu, A. M. Snijders, R. Segraves, D. G. Albertson, and D. Pinkel.
Fully automatic quantification of microarray image data.
Genome Res., 12:325-332, 2002.

6

P. Neuvial, P. Hupé, I. Brito, S. Liva, E. Manié, C. Brennetot, F. Radvanyi, A. Aurias, and E. Barillot.
Spatial normalization of array-CGH data.
BMC Bioinformatics, 7(1):264, May 2006.

7

D. Pinkel, R. Segraves, D. Sudar, S. Clark, I. Poole, D. Kowbel, C. Collins, W. L. Kuo, C. Chen, Y. Zhai, S. H. Dairkee, B. M. Ljung, J. W. Gray, and D. G. Albertson.
High resolution analysis of DNA copy number variation using comparative genomic hybridization to microarrays.
Nat. Genet., 20:207-211, 1998.

8

A. M. Snijders, N. Nowak, R. Segraves, S. Blackwood, N. Brown, J. Conroy, G. Hamilton, A. K. Hindle, B. Huey, K. Kimura, S. Law S, K. Myambo, J. Palmer, B. Ylstra, J. P. Yue, J. W. Gray, A. N. Jain, D. Pinkel, and D. G. Albertson.
Assembly of microarrays for genome-wide measurement of DNA copy number.
Nat. Genet., 29:263-4, 2001.

9

S. Solinas-Toldo, S. Lampel, S. Stilgenbauer, J. Nickolenko, A. Benner, H. Dohner, T. Cremer, and P. Lichter.
Matrix-based comparative genomic hybridization: Biochips to screen for genomic imbalances.
Genes Chromosomes Cancer, 20:399-407, 1997.