C. Billerey, D. Chopin, M. H. Aubriot-Lorton, D. Ricol, S. Gil Diez de Medina, B. Van Rhijn, M. P. Bralet, M. A. Lefrere-Belda, J. B. Lahaye, C. C. Abbou, J. Bonaventure, E. S. Zafrani, T. van der Kwast, J. P. Thiery, and F. Radvanyi.
Frequent FGFR3 mutations in papillary non-invasive bladder (pTa) tumors.
Am. J. Pathol., 158:955-1959, 2001.

S. Dudoit and Y. H. Yang.
Bioconductor R packages for exploratory analysis and normalization of cDNA microarray data.
In G. Parmigiani, E. S. Garrett, R. A. Irizarry, and S. L. Zeger, editors, The Analysis of Gene Expression Data: Methods and Software. Springer, New York, 2003.
(To appear).

P. Hupé, N. Stransky, J-P. Thiery, F. Radvanyi, and E. Barillot.
Analysis of array CGH data: from signal ratios to gain and loss of DNA regions.
Bioinformatics, 20:3413 - 3422, 2004.

A. S. Ishkanian, C. A. Malloff, S. K. Watson, R. J. DeLeeuw, B. Chi, B. P. Coe, A. Snijders, D. G. Albertson, D. Pinkel, M. A. Marra, V. Ling, C. MacAulay, and W. L. Lam.
A tiling resolution DNA microarray with complete coverage of the human genome.
Nat. Genet., 36:299-303, 2004.

A. N. Jain, T. A. Tokuyasu, A. M. Snijders, R. Segraves, D. G. Albertson, and D. Pinkel.
Fully automatic quantification of microarray image data.
Genome Res., 12:325-332, 2002.

P. Neuvial, P. Hupé, I. Brito, S. Liva, E. Manié, C. Brennetot, F. Radvanyi, A. Aurias, and E. Barillot.
Spatial normalization of array-CGH data.
BMC Bioinformatics, 7(1):264, May 2006.

D. Pinkel, R. Segraves, D. Sudar, S. Clark, I. Poole, D. Kowbel, C. Collins, W. L. Kuo, C. Chen, Y. Zhai, S. H. Dairkee, B. M. Ljung, J. W. Gray, and D. G. Albertson.
High resolution analysis of DNA copy number variation using comparative genomic hybridization to microarrays.
Nat. Genet., 20:207-211, 1998.

A. M. Snijders, N. Nowak, R. Segraves, S. Blackwood, N. Brown, J. Conroy, G. Hamilton, A. K. Hindle, B. Huey, K. Kimura, S. Law S, K. Myambo, J. Palmer, B. Ylstra, J. P. Yue, J. W. Gray, A. N. Jain, D. Pinkel, and D. G. Albertson.
Assembly of microarrays for genome-wide measurement of DNA copy number.
Nat. Genet., 29:263-4, 2001.

S. Solinas-Toldo, S. Lampel, S. Stilgenbauer, J. Nickolenko, A. Benner, H. Dohner, T. Cremer, and P. Lichter.
Matrix-based comparative genomic hybridization: Biochips to screen for genomic imbalances.
Genes Chromosomes Cancer, 20:399-407, 1997.

Pierre Neuvial 2007-03-16