#!/usr/bin/bash
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#                                                             #
# Composant VAMP.                                             #
#                                                             #
# Philippe La Rosa : 24/08/2004                               #
#                                                             #
# But : Generation de fichiers Xml pour constituer les listes #
# de puces CGH pour une liste de puces publiques.             #
# Ces  fichiers seront utilisés par l'interface Vamp pour  #
# importer des puces dans l'applet.                           #
#                                                             #
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# Parametre(s) :                                              #
# $1 = groupe ou login (par exemple public)                   #
###############################################################
 
# Env
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/lib
export PATH=/usr/X/bin:/bioinfo/local/R/bin:/bioinfo/local/octave/bin:/usr/ccs/bin:/usr/local/bin:$PATH
dirxml=/bioinfo/users/bioinfo/projects/capweb/xml
dir_out=/bioinfo/users/bioinfo/projects/capweb/import_data_xml
dir_out_projects=$dir_out/projects
chem_tmp=/tmp/ImpLst$$
chem_tmp_chr=/tmp/ImpLstChr$$

if test ! -d $dir_out
then
#    echo "Le repertoire $dir_out n'existe pas"
#    echo "Creation du repertoire : $dir_out"
    mkdir $dir_out
fi

if test  ! -d $dir_out_projects
then
#    echo "Le repertoire $dir_out_projects n'existe pas"
#    echo "Creation du repertoire : $dir_out_projects"
    mkdir $dir_out_projects
fi


#echo "####  Module VAMP : debut generation des fichier d'import Xml, 1 par team/login (`date`)"

# creation d'un fichier projet/array chr par team
  team=$1
  #echo "## Team : $team"
  if test  ! -d $dir_out_projects/$team
    then
#      echo "Le repertoire $dir_out_projects/$team n'existe pas"
#      echo "Creation du repertoire : $dir_out_projects/$team"
      mkdir $dir_out_projects/$team
  fi
  for c in `ls $dirxml/$team | grep -v all`
  do
    project=$c
    fic_project=$dir_out_projects/$team/$project.xml
    fic_liste_array_project=$dir_out_projects/$team/$project.lst
    >$fic_liste_array_project
    #echo "## Projet : $project"

    # ARRAY
    echo "<Folder label=\"$project\">" > $fic_project
    echo "<Folder label=\"Arrays\" type=\"CHR_ARRAY\">" >> $fic_project
    for a in `ls $dirxml/$team/$c/array`
    do
      label=`echo $a | awk -F\.xml ' { print $1 }'`
      echo "<Item label=\"$label\" url=\"$team/$c/array/$a\"/>" >> $fic_project
      # NEW
      echo "$a" >> $fic_liste_array_project

    done
    echo "</Folder>" >> $fic_project



    # a faire une fois
    > $chem_tmp_chr
    echo "<Folder label=\"CHRN\" type=\"CHR\">" >> $chem_tmp_chr
    # pour toutes les puces du CHR
    echo "<Item label=\"All arrays\" url=\"$team/$c/chr/CHRN.xml\"/>" >> $chem_tmp_chr
    for z in `cat $fic_liste_array_project`
    do
      label_array=`echo $z | awk -F\.xml ' { print $1 }'`
      echo "<Item label=\"$label_array\" url=\"$team/all/CHRN/$z\"/>" >> $chem_tmp_chr
    done
    echo "</Folder>" >> $chem_tmp_chr



    # CHROMOSOMES
    echo "<Folder label=\"Chromosomes\">" >> $fic_project
    for u in `ls $dirxml/$team/$c/chr`
    do
      label=`echo $u | awk -F\.xml ' { print $1 }'`
      sed "s/CHRN/$label/g" $chem_tmp_chr >> $fic_project
    done
    echo "</Folder>" >> $fic_project
    echo "</Folder>" >> $fic_project
  done



# creation fichiers liste Xml par login
  user=$team
  #team=
  fic_login=$dir_out/$user.xml
  echo "<?xml version='1.0' encoding='iso-8859-1'?>" > $fic_login
  echo "<FolderSet>" >> $fic_login
  echo "<Folder label=\"CGH ARRAYS (Team : $team)\">" >> $fic_login
  for u in `ls $dirxml/$team | grep -v all`
  do
    project=$u
    fic_project=$dir_out_projects/$team/$project.xml
    #echo "## $user $team : $u"
    if test -f $fic_project
    then
      cat $fic_project >> $fic_login
    else
      # echo "###  $fic_project : n'existe pas"
       echo >/dev/null
    fi
  done
  echo "</Folder>" >> $fic_login
  echo "</FolderSet>"  >> $fic_login 

#echo "####  Module VAMP : fin generation des fichier d'import Xml (`date`)"